Dagli scavi effettuati e dai reperti trovati nel tempo, si può definire Villesse una località di origine romana, in quanto segni o materiali che riportino ad una vita precedente, ad esempio Celtica, fino ad oggi non sono stati mai rinvenuti.
La zona abitativa di allora, si presentava lungo l'importante strada, la ex via Gemina, che da Aquileia conduceva al ponte romano della Mainizza presso Farra, dove c'era un ponte sull'Isonzo, la strada poi continuava fino ad Emona, l'attuale Lubiana.
Questa strada, che passava dietro il nostro cimitero ed aveva una larghezza di mt.14.00+4.43,è venuta alla luce durante gli scavi effettuati dal dott. Paolo Bizzarro nel 1880 nella particella n° 1230 che si trova in via Isonzo, poco distante da una grande fornace trovata nel 1899.
A sinistra dell'entrata del cimitero vi era una grande villa denominata "Livia", nome derivato da qualche iscrizione trovata durante gli scavi, risalente al II° secolo dopo Cristo, contenente dei mosaici che sono stati definiti, sempre dal dott. Bizzarro, "degni di Ercolano".
Anche in tempi recenti, in questo luogo sono venuti alla luce reperti tra cui una base di colonna, un capitello, tubi di piombo, testimonianza quest'ultima che la villa era dotata di un servizio d'acqua.
Vi sono inoltre altri insediamenti abitativi di quel tempo sparsi lungo il nostro territorio.
Dopo il periodo romano, testimoniato dai reperti trovati, nella storia del nostro paese c'è un vuoto di notizie fino al 1258 in cui compare per la prima volta un documento nel quale viene citato il nome di Villesse e l'esistenza della chiesa attorniata da alcune casupole (la famosa Centa).
La chiesa probabilmente, come consuetudine di allora, era stata costruita su un luogo di culto già esistente.
Infatti all'interno, durante i lavori di scavo e consolidamento delle fondamenta fatti nel 2000, sono venuti alla luce dei muri di origine romana.

Le notizie su questa chiesa sono molto scarse, essa viene ricordata negli "Status Personalis e Localis dell'Arcidiocesi di Gorizia", come esistente già nel 1184, ma visto il nome del santo titolare S. Michele, che come gli altri santi guerrieri S. Martino e S. Giorgio era venerato dai Longobardi, potrebbe essere molto precedente. I Longobardi, dopo la conversione al Cristianesimo, a partire dall'anno 663 in cui vinsero i Saraceni a Bitonto, sotto la protezione dell'Arcangelo Michele, eressero molte chiese in suo onore, perciò questo ci fa pensare che la chiesa potesse esistere già nel VII - VIII Secolo.
La visita Apostolica del Conte Bartolomeo di Porcia del 1570, ci ricorda che la chiesa di S. Michele era allora l'unica in Villesse e che solo verso la fine del secolo, circa nel 1591 venne affiancata dalla nuova principale chiesa, dedicata a S. Rocco al centro del paese, situata dove si trova l'attuale ACLI
(Nel 1593, durante la visita di Francesco Barbaro, viene nominata la Chiesa dedicata a S. Rocco). Si racconta che l'Imperatore Giuseppe II° verso il 1785 avesse ordinato la demolizione dell'antica chiesa, ma la devozione del popolo verso di essa, riuscì a conservarla.
La pieve di Villesse dipendeva dalla Parrocchia di S. Pier d'Isonzo, era una sua filiale e lo è stata fino al 1784, quando l'Imperatore austriaco Giuseppe II° la staccò e la rese indipendente, in quanto S. Pier era in Territorio Veneto, mentre Villesse faceva parte dell'impero austriaco.
Venne innalzata a Parrocchia nel 1847 dopo la costruzione dell' attuale chiesa. Ai tempi della dominazione napoleonica la chiesa di S. Michele fu occupata e profanata dai soldati, ma più tardi fu riconsacrata e restituita ai fedeli per il culto divino.

Le croci dipinte sui muri laterali sono la testimonianza di una riconsacrazione della chiesa, qualche volta si trovano croci diverse fra loro a testimonianza che la chiesa è stata riconsacrata più di una volta. Sulla volta davanti all'altare si vede il simbolo del sole, simbolo di buon augurio.

(Ad Adegliacco in provincia di Udine lo stesso simbolo in pietra, recuperato da una chiesa ormai demolita, è stato incastonato nell'attuale campanile.)

Osserviamo più attentamente l'interno partendo dall'altare principale; in origine era di legno, con una pala al centro rappresentante S. Michele; in seguito, dopo la metà del 1700, fu ricostruito in marmo.

Nella parte laterale sinistra vi è la scritta: "M.(messer) Gio. Boem per sua devozione".

Potrebbe essere questa, la dedica di un certo Gioanni Boem abitante di questo luogo, che per espiare l'omicidio della moglie, avrebbe fatto costruire l'altare.
Sempre su questo altare, S. Michele è stato posto nella parte alta, mentre al centro domina la Madonna con bambino.
Perchè questo spostamento?
La statua della Madonna è stata portata in questa chiesa nel 1657 e subito le fu manifestata intensa devozione, tanto che poi la chiesa venne chiamata della "Madonna di S. Michele".
Trovandosi Villesse sulla strada del Santuario della Madonna di Barbana, meta principale dei pellegrinaggi, vi fu per diversi anni grande partecipazione del popolo slavo anche in questa nostra chiesa, che di venne punto di sosta diurno e notturno per i pellegrini che qui si riposavano prima di riprendere il viaggio; vi era tanta partecipazione nella chiesetta che per un certo periodo fu necessario prendere un cappellano in grado di poter confessare i fedeli di lingua slava.

Vi sono poi gli altari laterali: uno è dedicato a S. Antonio abate, Santo importante, protettore degli animali da stalla e cortile, e invocato inoltre per tener lontano l'herpes, comunemente detto fuoco di S. Antonio; ai suoi piedi c'è il maialino, la cui storia credo sia nota a tutti, ma forse non tutti sanno, che al maialino di S. Antonio sulla schiena veniva rasata la setola a forma di croce per distinguerlo dagli altri che potevano vagabondare lungo le strade di allora.

L'altro altare la cui pala rappresenta la Sacra Famiglia, veniva chiamato anche altare di S. Giuseppe. La pala originale, che per sicurezza si trova nella Banca del Credito Cooperativo di Villesse, è una copia di una più famosa del pittore Federico Barocci che si trova alla Nazional Gallery di Londra.

Osservando attentamente, sul muro laterale di sinistra, vi sono ancora alcuni frammenti di affresco che rappresentavano i gaudi, i dolori e le glorie della Beata Vergine Maria; più verso il centro c'è il segno di una porta che portava alla torre campanaria,

sulla quale c'erano due campane; già da tempo pericolante, sembra che il campanile sia crollato durante la I^a Guerra Mondiale; si racconta anche che la torre campanaria fosse stata costruita sulle fondamenta di una torre romana, rappresentata pure nel gonfalone del nostro Comune.
Questa chiesa è stata allungata, lo si nota dalla congiunzione imperfetta dei muri laterali e, malgrado fosse piccola, conteneva un ulteriore altare a metà della chiesa, che non era consacrato e non si sa a quale santo fosse dedicato. Come in tutte le chiese antiche, anche in questa vi sono delle tombe di personaggi importanti o benestanti. Sotto l'impero di Napoleone, fu proibito per motivi di igiene, sia la sepoltura nelle chiese, sia mantenere i cimiteri attorno alle stesse quando queste fossero state al centro del paese.

La prima tomba che notiamo, visibile accanto alla cinquecentesca acquasantiera, era della famiglia Mazzalors, fatta costruire nel 1674, la cui copertura di pietra originale è andata spezzata (probabilmente i pezzi si trovano nella stessa tomba), ed è stata sostituita con una doppia copertura in cemento che riporta parte della scritta originale.

Una seconda tomba con dei resti ossei, si trova davanti all'altare, coperta dal cemento, il nome della persona sepolta è ignoto, ma certamente è stato un personaggio importante: ciò si evince dalla posizione di privilegio del loculo.
La terza tomba nascosta sotto il pavimento si trova in fondo alla chiesa

sotto l'acquasantiera; è un loculo di mattoni costruito a volta, contiene i resti dell'ing. Maximilian Emanuel Fremaut, morto a Villesse il 31 agosto 1768; egli era stato incaricato dall'Imperatrice Maria Teresa d'Austria di progettare e seguire la costruzione degli argini del fiume Isonzo e del torrente Torre, in territorio austriaco.
Fremaut è stato un personaggio molto importante ma sconosciuto nella nostra zona, di cui si potrebbe dire molto riguardo ai suoi grandi progetti e lavori eseguiti in varie parti d'Europa.
Sarebbe senz'altro auspicabile poter approfondire la ricerca di ulteriori documenti che attestino con fedeltà l'origine di questa chiesa, prezioso patrimonio della fede cristiana nel nostro paese.